Kjønnsinkongruens er manglende samsvar mellom opplevd kjønn og tildelt kjønn ved fødsel. Kjønnsdysfori kan medføre behov for behandling. Behandlingen kan inkludere samtaler, utforsking av kjønnsidentiteten, hormonbehandling og kirurgi. Medikamentell behandling kan starte fra tidlig pubertet. Behandlingen kan gi endringer i kroppen for å nærme seg opplevd kjønn. Det er behov for mer kunnskap om effekter av behandlingen. Oslo universitetssykehus skal gjennomføre en klinisk studie for medikamentell og kirurgisk behandling av barn og unge med kjønnsinkongruens. Regionale sentre gir behandling nærmere der folk bor, inkludert utforskende samtaler og oppfølging. Det er viktig at ungdom reflekterer over sin kjønnsidentitet før medikamentell behandling vurderes. Kontaktinformasjon til regionale sentre finnes på NBTKs nettside. Utfordringer inkluderer vitenskapelige og etiske utfordringer knyttet til utprøvende behandling. Målet er å gi god behandling med mest mulig nytte og minst mulig skade.
